Początek rzymskokatolickiej parafii pw. św. Jana Apostoła w Przemyślu związany jest z budową pod koniec lat pięćdziesiątych XX wieku Zakładu Płyt Pilśniowych przy dzisiejszej ulicy Ofiar Katynia. Obok wspomnianej fabryki powstało również osiedle pracownicze, które po rozpoczęciu produkcji w 1964r. miało perspektywę dalszego rozwoju. Jego mieszkańcy uczęszczali do kościoła w Krównikach lub udawali się do świątyń zlokalizowanych w centrum miasta. Odpowiadając na ich potrzeby, na początku 1966 r. ówczesny ordynariusz bp Ignacy Tokarczuk poprosił ks. dra Tadeusza Śliwę o odprawianie coniedzielnej Mszy św. w dawnej cerkwi greckokatolickiej, którą na Przekopanej wybudowano w 1901 r. Wspomniany kapłan wraz z proboszczem parafii Przemyśl – Błonie ks. Franciszkiem Twardzickim (do której należała Przekopana), poinformował zaufanych wiernych o takim zamiarze. Oczywiście wcześniej świątynię pounicką należało przygotować poprzez przynajmniej pobieżne uporządkowanie. Z czasem zaczęto przeprowadzać bardziej gruntowne remonty.
Dnia 5 XI o godz. 9:00 odprawiono pierwszą niedzielną Mszę św., a na kolejne zaczęło przychodzić coraz więcej ludzi. Od 20 III 1971 r. przy kościele na Przekopanej istniał rektorat, a wcześniej też obowiązki duszpasterskie przejął notariusz kurii biskupiej ks. Edward Prędki. Zaczęto też sprawować Mszę św. w dni powszednie, a w niedzielę i święta dwukrotnie. Przełomową datą dla kościoła na Przekopanej był 21 VI 1982 r., gdy bp Ignacy Tokarczuk utworzył tam nową parafię wydzieloną z parafii macierzystej Przemyśl – Błonie pw. MB Nieustającej Pomocy. Jej pierwszym proboszczem został dotychczasowy rektor ks. dr Józef Sroka. W grudniu tegoż roku ordynariusz poświęcił też nową plebanię.